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| 作者 | 指導教授 | 論文名稱 | 學校 | 系所 | 類別 | 年份 | 研究摘要 |
| 黃雅倫 | 林曜松 | 乾旱對哈盆溪大型無脊椎動物群聚組成之影響 | 臺灣大學 | 生態學與演化生物學研究所 | 碩士 | 2005 | |
| 陳妙嫻 | 林曜松 | 哈盆溪多齒新米蝦(Neocaridina denticulata)棲地利用之研究 | 臺灣大學 | 生態學與演化生物學研究所 | 碩士 | 2006 | |
| 賴姿均 | 蘇秀慧 | 福山試驗林台灣獼猴幼猴之遊戲互動 | 屏東科技大學 | 野生動物保育研究所 | 碩士 | 2008 | |
| 陳鼎文 | 王巧萍／侯平君 | 黃頸蜷蚓對於不同理化性質之土壤二氧化碳釋放的影響 | 國立成功大學 | 生命科學系 | 碩士 | 2008 | |
| 王瑞中 | 吳文哲 | 以四種方法調查福山試驗林的膜翅目昆蟲 | 臺灣大學 | 昆蟲學研究所 | 碩士 | 2008 | |
| 顏端佑 | 謝森和 | 福山地區溪流水棲昆蟲群聚結構及功能組成之季節變化 | 靜宜大學 | 生態學研究所 | 碩士 | 2008 | |
| 蘇迎晨 | 蘇秀慧、董光中 | 福山試驗林麝香貓 (Viverricula indica) 之腸道寄生蟲 | 屏東科技大學 | 野生動物保育研究所 | 碩士 | 2009 | |
| 鄧艷齡 | 蘇秀慧 | 台灣獼猴(Macaca cyclopis)姊妹間位序之決定因子 | 屏東科技大學 | 野生動物保育研究所 | 碩士 | 2009 | |
| 翁紹益 | 李玲玲 | 福山試驗林食蟹獴(Herpestes urva)之社會結構 | 臺灣大學 | 生態學與演化生物學研究所 | 碩士 | 2009 | |
| 李景元 | 李玲玲 | 福山試驗林台灣山羌的棲地利用 | 臺灣大學 | 生態學與演化生物學研究所 | 碩士 | 2009 | |
