福山植物園因設置於台灣北部保存良好的天然闊葉森林中，且鄰接水源保護區及哈盆自然保留區，故於規劃之初即考量在損傷最少林木的原則下，進行植物園展示區及自然中心的闢建，總面積約30公頃。

植物園展示區原係以樹木標本園之概念規劃，但因分區名稱較學術性且分區多，一般參觀民眾不容易理解，故於2011年重新進行植物園主題分區之規劃，強調體驗自然的美及觀察自然的趣味，並透過解說牌及網站將森林保育之重要性傳達予民眾。

經營管理的理念：原本即位於自然資源豐富基地的福山植物園，因為採低度開發與發展尊重自然之旅遊教育，因而成為國內進行生態旅遊、環境教育、戶外教學及學術研究的優質場域，豐富的生態資源及易觀察到各種野生動、植物也成為福山植物園的最大特色與優勢，亦有助於園區推動保育、研究、教育之工作。 其經營目標為：

• (1)著重於台灣原生植物之蒐集與展示。
• (2)執行區外保育之研究。
• (3)進行森林生態長期研究，並將其成果轉化為自然教育之素材。
• (4)發展為自然教育中心及生態旅遊示範地。

因擁有豐富的動植物生態資源及優美景緻，加上台灣民眾對生態旅遊的日增需求，植物園區於1993年起對外開放參觀，但在維護當地生態、儘量不影響野生動物棲息、研究工作進行及提昇知性旅遊品質的前提下，對一般遊客入園採行承載量(目前為平日500人、假日600人)管制措施，打破一般森林遊樂區以滿足人的需求為主要思考的經營模式。

除遊客承載量管制外，福山植物園亦配合野生動物生活習性制定遊客管制措施，如：限制遊客入園參訪時段、園區不設垃圾桶、不販售餐飲、嚴禁餵食及獵捕野生動物等，並於植物園展示區入口處設立解說站，遊客參訪前均有志工於入口處解說，讓所有入園參訪之遊客均能充分理解園方制定這些管制措施的理由。

福山植物園對外開放以來，因採用維護當地自然環境的開發及旅遊模式，不但受到多數民眾的支持，亦維持了園區的自然度及生物豐富度，參訪的遊客很容易就可以在參觀展示植物的過程中，看到生活在當地的野生動物，有效深化遊客的自然體驗。未過度建設的福山植物園，除提供舒適的遊憩環境外，更可提供高品質的自然教育機會與生態旅遊體驗。